ي النيل بأفرعها وكلياته المنتشرة بعدد من مدن الشمال (دنقلا – عطبرة – الدامر - شندي) وبعد تقسيم الولايات أصبحت أمانة الصندوق بنهر النيل منفصلة عن نظيرتها في الولاية الشمالية , ثم أنشأت جامعة شندي في العام 1994 .وجامعة الشيخ عبد الله البدري في العام 2010م ليصبح عدد الجامعات بالولاية ثلاث جامعات, وقفز عدد الطلاب بالتعليم العالي خلال هذه الفترة ليصل (26097) طالب وطالبة في العام الدراسي (2015 – 2016