تأسس الصندوق القومى لرعاية الطلاب فى دارفور الكبرى عام 1991م وكان يشمل جميع ولايات دارفور آنذاك يخدم طلاب جامعة الفاشر وكانت تضم كليات البيطرة التى أسس بها جامعة نيالا وكذلك كلية الزراعة التى اسس بها جامعة زالنجى .

وأول داخلية أنشأها الصندوق هى الرشيد للطلاب وكانت تسع لعدد 168 طالب فى العام 1992م  تم إنشاء داخلية الكوثر للطالبات وكانت داخلية لطلاب الفاشر الثانوية بنين ولاحقاً داخلية الفردوس للطالبات ، ومع  توسيع كليات الجامعة ومضااعفة اعداد الطلاب المقبولين توسع الصندوق كذلك فى السكن ليصبح عدد الطلاب الساكنين بالداخليات حتى الآن إلى 4191 طالبا وطالبة .

تشمل هذه الداخليات كل الخدمات التى يحتاجها الطلاب من مساجد وملاعب ومكتبات وكافتريات .