مع بداية تأسيس جامعة زالنجي عام 1994 تأسس الصندوق القومي لرعاية الطلاب أمانة غرب دارفور ، ومنذ تلك الفترة ظل الصندوق يقدم عطاءً متواصلاً، يجود ويطور في الخدمات من عام لآخر بفضل الجهود الكبيرة التي ظل يبذلها العاملون بالصندوق وبتوفيق من الله ودعم متصل من الأمانة العامة .
في عام 2012م إنقسمت ولاية غرب دارفور إلي ولايتين ولاية غرب دارفور الأم ووسط دارفور وعلى هذا إنقسمت أمانة الصندوق إلي أمانتين أمانة غرب دارفور وأمانة وسط دارفور .
طوال تلك الفترة ( قبل وبعد الإنقسام) تعاقب علي أمانة الصندوق عدد من الأمناء وهم :
1- الإستاذ عباس آدم بساط في الفترة من 1994-2002م.
2- الأستاذ محمد موسى أحمد مكلفاً في الفترة من 2002-2003م.
3- الأستاذ عبد الله إبراهيم 2003م
4- الأستاذ محمد موسى احمد من 2004-2006م .
5- الأستاذ عمر عجبنا سعدان الفترة من 2006-2013م.
6- المهندس أحمد حماد محمود الفترة من 2013-2015م.
7- الأستاذ أحمد إدريس جبريل 2015م حتى الآن.