بعد إعلان ثورة التعليم العالي وماصاحب ذلك من توسع كبير في المؤسسات التعليمية وزيادة فرص القبول ومضاعفة عدد الجامعات صدر القرار الجمهوري في سبتمبر 1991م لإنشاء الصندوق القومي لدعم وتحول الأسم بعد ذلك لرعاية الطلاب لإحتواء تلك الزيادة والتعامل مع مايترتب عليها من سكن وكفالة ورعاية وخدمات جاء الصندوق ثمرة لجهود الدولة في مجابهة قصور أدوات التربية والتعليم ومحدودية فرصها الإستعابية ليقوم علي إدارة الجوانب الخدمية والإجتماعية لطلاب التعليم العالي ففي العام 1992م كانت ولاية جنوب كردفان جزء من ولاية كردفان الكبري وكان حينها الأستاذ عبد الله بلال أمين كردفان الكبري وكانت الدلنج تحت مسمي محافظة وتتبع لجامعة كردفان وكان أمينها الشهيد علي هلال سبيل في العام 1993م وخلفه الأستاذ مصطفي عثمان عبد الصمد وخلفه المرحوم/ محمد حمد سلامة في نفس العام الاستاذ عمر أحمد عبد الرحمن الضوء إلي أن جاء العام 1994م وجاءت معه فكرة إنشاء الولايات وإنفصلت جنوب كردفان وكان أمينها الأول الأستاذ محمد إبراهيم محمد .
الأمناء الذين تعاقبوا علي ولاية جنوب كردفان