انشأ الصندوق القومي لدعم الطلاب في سبتمبر 1991م إنفاذا لسياسات التوسع في التعليم العالي الذي أقرته ثورة الإنقاذ الوطني وتمدد في جميع أنحاء البلاد وقد جاء اقتراح تغيير اسم الصندوق إلي الصندوق القومي لرعاية الطلاب لتجاوز النمط الاقتصادي للدولة لأسلوب الدعم إضافة لمحدودية العبارة التي تحصر دور الصندوق في الدعم المادي دونما أغطية البعد التربوي لرسالة الصندوق والذي يمثل سندا حقيقيا لثورة التعليم العالي وخلق امة موحدة بنشر الطلاب في جميع أنحاء البلاد وتقديم الخدمات لهم حتي تتفرق الجامعات لدورها الأكاديمي والبحث العلمي خاصة بعد ارتفاع عدد الجامعات من (6) جامعات في العام 1989م إلي أكثر من (60) جامعة وكلية حكومية وخاصة في العام 2016م.
انشات أمانة الصندوق القومي لرعاية الطلاب بالولاية الشمالية في العام 1992م لإسكان طلاب جامعتي دنقلا وعبداللطيف الحمد حيث أصبحت بالولاية أربعة وحدات : دنقلا – حلفا – مروي – رومي البكري .